מ.ס אשדוד נוסדה ב-1999, מאיחוד של שתי הקבוצות הבכירות של העיר - הפועל ועירוני אשדוד - שגם תרמו את צבעי החולצה שלהן לטובת הצבע המאוחד של המועדון - צהוב ואדום. הקבוצה נמצאת בידי עמותה, שבראשה עומד ג`קי בן זקן. בעונת 2014/15 מ.ס אשדוד ירדה לליגה הלאומית, אולי חזרה לליגת העל בתוך שנה אחת בלבד.