בסוף עונת 1991 העפילה הקבוצה לראשונה לליגת העל. במהלך שנות ה-90 נחשבה אילת לקבוצת צמרת/מרכז טבלה בליגת העל. עונת השיא שלה הייתה ב-1998, כשסיימה במקום השלישי והצליחה להגיע לגמר הפלייאוף מול מכבי תל אביב, אך הפסידה. בתחילת שנות ה-2000 נקלעה הקבוצה לקשיים כלכליים שבעקבותיהם ירדה לליגה השנייה, ולאחר מכן התפרקה. לאחר מכן היא הוקמה מחדש, נרשמה לליגת העל במקומה של מ.כ. הבקעה ותקעה יתד כקבוצת פלייאוף עליון. בעונת 2018/19, לאחר עזיבתו של הבעלים דורון הרציקוביץ` ופטירתו של היו"ר מוטי אמסלם בעקבות מחלקה קשה, התחלפה הנהלת הקבוצה ובעונת 2019/20 התחלפה שוב. בעונת 21/22 החלה הקבוצה לשחק במסגרת היורופקאפ.