בפברואר 2022, אלמוג כהן הודיע על פרישה. הקשר האחורי, בעל האופי הכל כך לא ישראלי, הוא אחת הדמויות המוערכות בכדורגל שלנו. מסירות ועבודה קשה הובילו אותו לקריירה מפוארת, וזה היה אך טבעי שאחרי שסיים את דרכו על הדשא, ימשיך בענף, וכהן המשיך לתפקיד המנהל המקצועי של המועדון איתו הוא כל כך מזוהה. שנתיים לאחר מכן, בפברואר 2024, כהן נפרד מהיהלומים, וימשיך לתפקיד הבא בקריירה - מנהל המקצועי של בית"ר ירושלים.
את עונת 2021/22, במהלכה מונה אלמוג כהן לתפקיד (אך היה אחראי למעשה על בניית הקבוצה כבר מהקיץ), סיימה נתניה במקום הרביעי, ובקיץ שלאחר מכן, החל בבניית הקבוצה שסיימה את עונת 2022/23 במקום החמישי, והעפילה שוב לפלייאוף העליון. במהלך התקופה של אלמוג כהן זכתה נתניה לראשונה בתולדותיה בגביע הטוטו, והגיע לגמר גביע המדינה בו הפסידה 3:0 לבית"ר ירושלים. את הקבוצה אימנו בשנתיים האחרונות ריימונד אטוולד, בני לם, רז קוז'וך וכעת גיא צרפתי.
בגזרת הרכש, הצליח להנחית כהן במכבי נתניה כמה שמות מעניינים מאוד, ובעיקר, מה שבוודאי יקסום מאוד לברק אברמוב, להכניס לקופת המועדון כמעט 30 מיליון שקל ממכירות שחקנים. בין השחקנים הבולטים שהגיעו לנתניה בתקופתו אפשר להזכיר את לירן רוטמן, איתן אזולאי, עוז בילו, סטניסלב בילנקי, פטריק טוואמסי, איתמר שבירו, בוריס אינו ופלאמן גלאבוב.
במהלך התקופה של כהן, הצליחה נתניה כאמור להכניס לא מעט כסף, למעשה כמעט 30 מיליון, מעסקאות בהן מכרה בין היתר את עדן קארצב, רז שלמה, זלאטן שחוביץ', פטריק טוואמסי. כעת, מגיע כהן לבית"ר ירושלים, מועדון עם בעלים בסגנון אחר מזה תחתיו עבדיו, וכזה שכנראה יצטרך לעשות לא מעט אלתורים בסגל. העבודה רבה, אבל אם יש משהו שהקשר האחורי הקשוח הוכיח במהלך הקריירה שלו שהוא לא מפחד ממנו, זה בדיוק זה.