אחד המקומות החשובים בהתאחדות לכדורגל זו הוועדה המקצועית של ההתאחדות. אותה ועדה מאשרת מינויים, בין היתר מינוי מאמן נבחרת, ומקיימת דיון מקצועי בנוגע לעתיד הכדורגל הישראלי, אבל מי חבר באותה ועדה? כניסה לאתר ההתאחדות הכדורגל, שם המידע שקוף, מספקת תמונה מפתיעה. 5 מבין 11 חברי הוועדה המקצועית כלל לא חלק מהכדורגל הישראלי כיום בתפקידים רשמיים (
עינב חזנוולד, שרון ניסנוב, משה דמאיו, אלי דריקס ומוחמד אבולעם). יתר החברים בוועדה הם שינו זוארץ (יו"ר הוועדה),
איציק עובדיה (מנכ"ל מכבי חיפה וחבר ועדה),
אלונה ברקת (בעלי הפועל ב"ש וחברת ועדה),
שי אהרון (מנהל מקצועי בהפועל י-ם וחבר ועדה),
כפיר אדרי (מנכ"ל בית"ר ירושלים)
ומורן מאירי (סגן יו"ר ההתאחדות וחבר ועדה).
"הוועדה המקצועית של ההתאחדות לכדורגל מטפלת באספקט המקצועי/ספורטיבי של ניהול הענף, שבמקרים רבים משמש בסיס מכריע לקבלת החלטות מנהלתיות הקשורות לניהול הספורטיבי התקין של הכדורגל", נכתב באתר ההתאחדות, "החלטות מסוימות הקשורות לניהול הליגות, אשר למראית עין הן בעלות מאפיינים טכניים בלבד, עשויות לכלול השלכות ספורטיביות מרחיקות לכת. בחינת משמעויות אלה נעשית על ידי הוועדה".
"מעבר לכך, אחראית הוועדה על פיתוח וקידום הרמה המקצועית בקרב הקבוצות ובעלי התפקידים בהן. הרכב הוועדה, הנקבע על ידי ההנהלה, מאויש על ידי מאמנים ושחקני עבר, בדרך כלל כאלה שנטלו חלק בנבחרות הייצוגיות של ישראל.
סמכויות הוועדה על פי התקנון הן:1. ארגון תחרויות הליגה והגביע.
2. אישור לוח המשחקים ומועדי תחרויות הליגה והגביע.
3. טיפול במשאלות המוגשות על ידי הקבוצות בקשר למשחקי ליגה וגביע, פרט לנושאים הנוגעים ישירות לוועדת הליגה והגביע.
4. מעקב אחר משחקים בעלי "רגישות" ספורטיבית.
5. תאום עם איגוד השופטים וארגון המאמנים בתחום המקצועי.
6. ייזום, תכנון.