לאחר שדווח ברחבי העולם שפפ גווארדיולה יחליפו בעונה הבאה, מנואל פלגריני הפתיע את כולם וחתם על חוזה חדש במנצ'סטר סיטי. העונה הנוכחית הייתה אמורה להיות עונתו האחרונה של המאמן הצ'ילאני, אך הנהלת הסיטיזנס החליטה להשאירו עד 2017. "החוזה מוכיח את האמון שהמועדון נותן בי", אמר פלגריני.
"אין לי שום דבר רע להגיד על פפ, כל קבוצה הייתה רוצה שהוא ידריך אותה. הוא מאמן מצוין", הוסיף הצ'ילאני, "אין לי שום בעיה בקבוצה, אני יודע בדיוק מה הציפיות של הבעלים. הם מרוצים ממני ומדרך העבודה שלי, אני מאושר, אבל אף אחד לא יודע מה יקרה בעתיד".
חוץ מגווארדיולה, הוזכרו גם שמותיהם של קרלו אנצ'לוטי ויורגן קלופ כמועמדים להשתלט על כיסאו של פלגריני. בנוסף, העניקה הנהלת המועדון חוזים חדשים גם לצוות האימון של הצ'ילאני - מאמן השוערים חאבייר מאנסיסידור, ומאמן הכושר חוסה קאבלו.
התחנה האירופית הראשונה של פלגריני הייתה ויאריאל איתה הגיע עד לחצי גמר ליגת האלופות, שם רק החמצת פנדל של חואן ריקלמה מנעה ממנו העפלה לגמר על חשבון ארסנל. אחרי חמש שנים בצוללת הצהובה עבר הצ'ילאני לריאל מדריד והדריך אותה במהלך עונת 2009/10, אך לא שרד את סיר הלחץ בברנבאו ופוטר אחרי עונה אחת. לאחר מכן חתם במלאגה והוביל גם אותה לקמפיין אירופי נהדר, תוך שהוא מקדם את איסקו וסאנטי קאסורלה לטופ העולמי.
ב-2013 הגיע למצנ'סטר סיטי, וכבר בעונתו הראשונה בקבוצה זכה באליפות. בעונה שעברה הפסיד את התואר לצ'לסי מה שגרם לחרושת השמועות לגבי החלפתו. למרות הארכת החוזה, הישארותו של פלגריני תלויה המון בעונה הקרובה. הדרך שלו להחזרת האליפות למנצ'סטר מתחילה ביום שני מול ווסט ברומיץ'.