לאור ההתנהלות של עיריית טבריה בשנה החולפת, בכל הקשור למרתון טבריה, החליטה הנהלת איגוד האתלטיקה על הפסקת שיתוף הפעולה עם עיריית טבריה במרתון טבריה. על פי הודעת האיגוד ההחלטה התקבלה נוכח ההתנהלות הקלוקלת במהלך ההכנות למרתון טבריה 2016, במהלכו ולאחר סיום האירוע.
בין ההתנהלות הקלוקלת, מסתבר שמזה שלושה חודשים זוכי המרתון, הישראלים והזרים כאחד, טרם קיבלו את הפרסים הכספיים אשר הובטחו ע"י העירייה לפני התחרות. למרות בקשות חוזרות ונשנות של הזוכים , שאלות ותהיות, עיריית טבריה נכון לעכשיו טרם העבירה את הסכומים כנדרש. בעקבות כך, כאמור,איגוד האתלטיקה החליט להעביר את ארגון אליפות ישראל בריצת מרתון לאתר חלופי, במועד המתאים מקצועית לרצי המרתון.
"ההחלטה נתקבלה בלב כבד, במיוחד לאור העובדה שאיגוד האתלטיקה עמל במשך 38 שנים על בנייתו של מפעל ספורט מפואר וייחודי, בעל מסורת בנוף הספורט המקומי", נכתב בהודעה של האיגוד. "מרתון טבריה הפך ברבות השנים למרוץ בעל מוניטין שכל חובבי הריצה בישראל נושאים אליו את עיניהם, וגם רצים מחו"ל מספרים על ההמלצות שהם מקבלים במדינות הריצה הארוכה כמו קניה, אתיופיה ואריתריאה על המרתון הזה".
.
רפי פלד, יו"ר איגוד האתלטיקה, הוסיף: "עשינו כל שביכולתנו לשמור על המפעל המפואר הקרוי מרתון טבריה, אשר נבנה ע"י אנשי איגוד האתלטיקה במשך שנים כה רבות, באהבה, במסירות, ולעיתים אף בהקרבה, אולם כאשר האינטרסים לא עולים בקנה אחד בין שני הצדדים – עדיף להיפרד. הנהלת איגוד האתלטיקה מינתה בישיבתה האחרונה צוות לאיתור המקום המתאים והראוי לארח את אליפות ישראל במרתון, החל משנת 2017. בהזדמנות זו אני מודה למר יוסי בן-דוד, ראש עיריית טבריה, על הנכונות לשיתוף פעולה ומאחל לו הצלחה רבה בפועלו".
אלא שהפרידה של האיגוד מהמרתון היא לא ההשלכה היחידה. חבר הוועד האולימפי הבינלאומי, אלכס גלעדי, ישלח מחר מכתב ליו"ר עיריית טבריה, יוסי בן דוד, בדרישה להעביר את הפרסים הכספיים לזוכים עד יום שישי בצהריים, אחרת הוא יפנה להתאחדות האתלטיקה הבינלאומית ה- IAAF מתוקף תקפידו כיו"ר וועדת הטלוויזיה והדיגיטל של ההתאחדות ויקרא להסיר את מרתון טבריה מהתחרויות המאושרות של ההתאחדות. במקרה שכזה, מרתון טבריה ימחק והעירייה אף לא תוכל לערוך אותו כמירוץ פרטי, שכן מי שיישתף בו לא יוכל עוד להתחרות בתחרויות של ההתאחדות.