פחות משבועיים לאחר משחק הגמר, בית הדין המשמעתי של ההתאחדות לכדורגל הכריע היום (שני): בית"ר ירושלים ספגה עונש כבד על פריצת אוהדיה לדשא, בסיום המשחק נגד מכבי נתניה בסמי עופר. על פי ההחלטה, נשללה מהקבוצה ההשתתפות במפעלים האירופיים לעונת 2023/24. המשמעות: בית"ר לא תוכל להשתתף בקונפרנס ליג בעונה הבאה, וההערכה היא שמכבי נתניה (הקבוצה שהפסידה בגמר) תשתתף במפעל במקומה.
בנוסף, הירושלמים נענשו גם בקנס של 70,000 ש"ח, עונש על תנאי לשנתיים של שלילת הגביע וכל ההטבות הנובעות ממנו, בכל מקרה בו תורשע הנאשמת פעם נוספת בעבירה של התפרצות קהל רב. כמו כן, בכל עבירה של התפרעות אוהדים בנסיבות מחמירות בשנה הקרובה יופחתו לקבוצה שלוש נקודות.
בכל אופן, בית"ר תשתתף באלוף האלופים ללא קשר לעונש הנוכחי. בנוסף, ההכנסות יחולקו כפי שהיה אמור להיות, כך שהקבוצה לא תינזק כלכלית ותקבל את התגמולים שלה מהגמר.
כזכור, פחות משעה לאחר שריקת הסיום בגמר הגביע, שבו ניצחה בית"ר 0:3 את מכבי נתניה, פרצו אלפי אוהדי בית"ר לדשא ומנעו את השלמת טקס הנפת הגביע - שלא התקיים לראשונה בתולדות המפעל בישראל. השיא של האירוע היה בכך שנשיא המדינה, יצחק הרצוג, הובל אל מחוץ למגרש בסיוע כוחות המשטרה. הקבוצה הניפה את הגביע בפועל רק יממה לאחר מכן, בטקס מיוחד שנערך בבית הנשיא.
בהכרעת הדיינים, עו"ד גיורא לנדאו, עו"ד נעם ליובין ועו"ד ישראל שמעוני, נכתב: "משחק גמר גביע המדינה אמור להוות משחק בעל מעמד מכובד, ולשמש כחגיגת סוף העונה במעמד שני קהלי אוהדים אשר גדשו את היציעים, לעיני מכובדים רבים ובראשם נשיא המדינה מר יצחק הרצוג ומהווה שיא בסיומה של עונת משחקים. בפועל הפך יום זה לאירוע מביש ומבזה, אשר כמוהו לא ידע הכדורגל הישראלי במעמד מעין זה".