החיים של ניימאר רחוקים מלהיות משעממים וגם בזמן של מגיפה עולמית כוכב פ.ס.ז' עולה לכותרות כשהפעם הרומן של אימו עם בחור בן 22. לכן, נתמקד פחות במה שהכוכב הברזילאי עושה על המגרש וניתן הצצה אל מאוחרי הקלעים של חלוץ פ.ס.ז'. אין זה סוד כי המשפחה של ניימאר היא הדבר החשוב לו בעולם וכעת נצלול לעמודי התווך של חייו שגרמו לו להגיע עד הלום.
לכוכב הברזילאי ואימו קשר הדוק מאוד שהתחזק עם שנים במיוחד לאחר שנפרדה מאביו. על אף הקשר יוצא הדופן, ניימאר נתן את ברכתו המלאה לאימו והבהיר כי הוא רוצה שיהיה לה טוב ותעשה מה שמשמח אותה. לאחר 25 שנים של נישואים, נאדין גונסאלבש ואביו, ניימאר דה סילבה, נפרדו ב-2016 בצורה חיובית. באופן אירוני בן זוגה של אמו, טיאגו ראמוס רצה להיות 'אח' שלו כבר לפני מספר שנים. התפרסמה הודעה שכתב ראמוס לניימאר לפני שלוש שנים ובו הביע את הערצתו למשחק שלו ותקוותו לפגוש אותו יום אחד ולהיות חבר שלו.
הקשר החזק ביותר במשפחה הוא בין ניימאר לאחותו הצעירה, רפאלה סנטוס. מערכת היחסים ביניהם כה קרובה שלשניים יש קעקועים אחד של השני על זרועותיהם. במשך חמש שנים רצופות (הרצף נשבר השנה), באופן "מסתורי", ניימאר היה נוהג להיעדר ממשחקי קבוצתו באמצע מרץ, כאשר יש האומרים שהסיבה היא יום הולדתה של רפאלה. עם השנים האחות הצעירה הפכה לכוכבת בזכות עצמה כשחשבון האינסטגרם שלה מונה יותר מחמישה מיליון עוקבים.
ללא צל של ספק, הדמות החזקה ומשפיעה ביותר בחייו היא אביו, ניימאר דה סילבה שגם הוא היה בעברו כדורגלן אך מעולם לא הגיע לרמות הכי גבוהות. בימים אלו ניימאר האב, ידוע בתור היותו סוכן ממולח שלאורך הקריירה גרם לבנו לגרוף סכומי כסף אדירים. כשניימאר עוד שיחק במדי סאנטוס ועורר התעניינות רבה בקרב קבוצות אירופאיות, אביו גבה מברצלונה 9 מליון יורו רק בשביל הזכות להחתים אותו ואף ביקש מהקבוצה 35 מליון יורו נוספים בשביל להקדים את העברתו לקבוצה בשנה לאחר שהתנאים כבר סוכמו. העברה זו כל כך מעוררת מחלוקת ולוטה בערפל שעד היום ברצלונה וניימאר בקרבות משפטיים שמסרבים להיפתר.