עם פרוץ המלחמה ב-7.10 גויס מנשה זלקה למילואים בגבול הצפון ושם שהה במשך ארבעה חודשים. בפברואר הוא שב למגרשים והתקבל באהבה גדולה ברב האיצטדיונים, למעט אותה תקרית זכורה עם אוהדי בני סכנין.
כעת זלקה קיבל צו 8 ל-1 במאי ולמעשה הוא יסיים את העונה מוקדם מהצפוי ויחבור לחבריו בגבול הצפון. כשסיפר לאנשי הפועל חדרה על כך הוסיף: "יש דברים חשובים מכדורגל".
על אף שחדרה עדיין לא הבטיחה באופן סופי את ההישארות בליגה, אנשיה תומכים במנשה זלקה וברצונו לשרת את המדינה בטח בימים אלה. הקפטן נחשב לדמות נערצת במועדון ובכלל.
מאז חזרתו לכדורגל, זלקה העביר עשרות הרצאות לילדי מחלקות הנוער ולבני נוער בחדרה על חשיבות השירות בצה"ל וסיפור חייו שכולל שירות קרבי וויתורים רבים במהלך הקריירה.