בגיל 40, ניר ברקוביץ' יחפש לעצמו תחנה חדשה: היום (שישי) הוא פוטר מאימון הפועל אום אל פאחם, במה שהיתה הקבוצה התשיעית שלו בארבע שנים בלבד. היום, אגב, ברקוביץ' הגיב למהלך בתגובה פשוטה בת שתי מילים: "הסיוט נגמר".
אחרי קריירת משחק קצרת ולא ממש זכורה, ברקוביץ' החל את דרכו כמאמן בקבוצת הנוער של עירוני נשר. לאחר מכן עבד במחלקת הנוער ובבוגרים של הפועל ראשון לציון, שם אחיו - אייל - היה המאמן - ואז החלו הנדודים.
ב-2018 הוא מונה לאימון הפועל רמת גן, ואז חזר לראשון לציון. בספטמבר 2019 הוא מונה לאימון הפועל אום אל פאחם (קדנציה ראשונה), והצליח לרשום עם הקבוצה הישג מדהים כשהדיח את מכבי תל אביב בסיבוב ח' של גביע המדינה - אבל בינואר 2020 כבר פוטר מתפקידו.
אחר כך אימן במכבי אחי נצרת, אבל כעבור חמישה מחזורים בלבד מונה לאימון בני יהודה בליגת העל. אחרי ארבעה משחקים, הוא עזב בנסיבות מוזרות, לאחר תקרית עם לירן שטראובר. במרץ 2021 הוא חזר לקדנציה שנייה באום אל פאחם, אבל עזב אחרי משחק אחד.
ביוני 2021 הוא מונה למאמן סקציה נס ציונה, שם החזיק מעמד עונה שלמה וגם הצליח לעלות איתה לליגת העל. במאי 2022 הוא כבר מונה לאימון הפועל חדרה, אבל אחרי פחות משבוע עזב - וחזר לנס ציונה. ב-21 בדצמבר, 2022, הוא התפטר כדי לאמן את קריית שמונה - אבל החזיק בתפקיד עד פברואר 2023. בספטמבר האחרון הוא מונה למאמן הפועל אום אל פאחם בקדנציה שלישית, שנגמרה היום.