ב-10 ביוני 2013 ערך אלן חלילוביץ' את הופעת הבכורה שלו בנבחרת קרואטיה והפך לצעיר אי פעם שלובש את המדים המשובצים, בגיל 16, 11 חודשים ו-23 ימים בלבד. המדינה, שכבר גידלה אגדות כמו דאבור שוקר ורוברט פרוסינצ'קי, התלהבה מילד הפלא החדש. בעוד לוקה מודריץ' ואיבן ראקיטיץ' היו בשיאם, המומחים חזו שחלילוביץ' יעלה אפילו עליהם. רגל שמאל הקטלנית שלו בדינמו זאגרב סללה את דרכו ישירות ללה מאסיה, במה שנראה כפתיחתה של קריירה נוצצת שעתידה להפוך אותו לכוכב עולמי – אך משם הכל השתבש.
בקיץ 2014 שילמה ברצלונה 5 מיליון יורו כדי להנחית את הכישרון הקרואטי המבטיח, בנו של סיאד חלילוביץ' - אקס הפועל באר שבע ועירוני ראשון לציון. הבן, אגב, נולד בסמוך מאוד לתקופה בה אביו שיחק בבירת הנגב.
את עונת 2014/15 הוא החל בברצלונה ב' תחת אוסביו סקריסטן בליגת המשנה, מתוך כוונה להשתלב במהרה בקבוצה הבוגרת לצד בן ארצו וחונכו, ראקיטיץ'. עם זאת, דור השחקנים בברצלונה ב' באותה תקופה התקשה להתרומם, והבכורה המיוחלת של חלילוביץ' בקבוצה הראשונה התעכבה פעם אחר פעם.
הרומן עם הבלאוגרנה הסתיים בקול ענות חלושה ועם הופעה רשמית אחת בלבד בקבוצה הראשונה: 28 דקות כמחליף של אדאמה טראורה בגביע המלך מול אלצ'ה. ב-2016 נמכר להמבורג, אך גם בגרמניה התקשה להרשים ויצא להשאלות בספורטינג חיחון ובלאס פלמאס. על אף ניצוצות פה ושם, בשלוש עונות הוא סיפק חמישה שערים ותשעה בישולים בלבד, ומעולם לא הצליח לעשות את קפיצת המדרגה המצופה.
בקיץ 2018 חתם במילאן בניסיון להחיות את הקריירה, אך הפרק האיטלקי התברר כעוד מפח נפש והוא שוחרר מבלי שרשם אפילו דקת ליגה אחת בסרייה א'. בתווך הושאל לסטנדרד ליאז' הבלגית – תקופה אותה הגדיר כ"סיוט" שכלל שקרים ומכשולים מצד המועדון – ולהירנביין ההולנדית, שם עונתו נקטעה בעקבות ביטול הליגה בצל מגפת הקורונה. בהמשך ניסה את מזלו בליגת המשנה באנגליה במדי ברמינגהאם ורדינג, אך סבל מפציעות וחוסר יציבות, וגם חזרה למולדתו במדי רייקה לא השיבה את הקסם.
את היציבות היחסית מצא בשלוש העונות האחרונות בפורטונה סיטארד ההולנדית, שם חזר להציג כדורגל איכותי, בעיקר בשנתיים הראשונות. אולם בעונה החולפת בעיות גופניות שוב הגבילו את דקות המשחק שלו, ובקיץ האחרון הוא שוחרר והפך לשחקן חופשי. כעת, כשהוא עדיין מחפש קבוצה רגע לפני תחילת חודש אוקטובר, נותר חלילוביץ' אחד מסיפורי ההחמצה הגדולים של הכדורגל האירופי בעשור האחרון.